Sources de souches microbiennes

- Levures : isoler sur gélose Sabouraud le fond d’une bouteille de bière belge sur lie (Chimay^®, Maredsous^®, Moinette^®, Lucifer^®, Hoegaarden^®…), cela fonctionne très bien. Incuber à 28/30 °C. Au passage, l’observation microscopique à l’état frais est très intéressante, on observe notamment des cristaux minéraux dans la Hoegaarden^®. On peut procéder de même à partir d’un cidre artisanal. Intérêt gastronomique : le(la) collègue déguste la veille au soir à l’apéritif la bière en question, sans agiter la bouteille évidemment, avec des petits cubes de mimolette française “vieille cassante” (demandez la à votre artisan fromager, c’est autre chose que la mimolette ordinaire) saupoudrés de sel au céleri, puis récupère le fond de la bouteille dans une petit flacon, et le tour est joué ! Ces souches sont très bien conservées à -20 °C dans une solution de glycérol à 20 % final. Elles présentent, de plus, des pouvoirs fermentaires différents. Petite remarque annexe : si vous grattouillez un peu de la croûte de la vieille cassante sur une lame et observez directement le prélèvement recouvert d’une lamelle, vous verrez des acariens… ce sont toujours des protéines d’origine animale !
- Bactéries lactiques : isoler un yaourt frais, ou yaourt à boire ou fromage blanc sur des géloses au lait et/ou MRS, incuber à 30 °C et 40 °C, les souches sont plus ou moins chatouilleuses quant à la température de croissance.
- Moisissures de l’environnement : dans des boîtes de Petri vide, étaler du marc de café ou environ 10 mL de jus de citron ou une tranche de citron ou un morceau de pain humide (tout ceci notamment pour des Aspergillus et Penicillium) ou une tranche de tomate (pour récupérer du Fusarium (ou un de ses petits frères !) ou (à la saison !) un morceau de pêche pour récupérer Mucor ou Rhizopus ou un de leurs petits camarades
- Moisissures de production agro-alimentaire : faire une empreinte de croûte de Camembert sur Sabouraud + chloramphénicol ou + gentamycine, histoire de limiter la croissance des bactéries lactiques et surtout des contaminations bactériennes ; isoler à la pipette boulée le contenu d’une caverne de Roquefort ou de fourme d’Ambert, ce qui donnera souvent des colonies de Penicillium et Geotrichum. A partir d’un fromage, il peut être judicieux de préparer une émulsion à l’aide d’un fragment de fromage dans une solution stérile de citrate de sodium à 200 g.L^-1 en chauffant vers 50/60 °C puis en isolant son contenu sur la gélose.

J’ajoute qu’au rayon bio-machin-sans_gluten-truc-mange_du_vent_tu_seras_pas_malade des supermarchés ou des boutiques bio_bizarres, on trouve des ferments lactiques standards et alternatifs en vente pour fabriquer des yaourt et des pseudo-“Activia” maison. Sinon, on peut aussi ajouter un peu d’Actimel^® à une gélose MRSA pour y repiquer les ferments de l’Actimel^® lui-même.

Pour compléter ces propositions, il est très facile de cultiver du Mucor à partir de la croûte de la tomme de Savoie.
Il suffit de placer quelques morceaux de croûte à l’envers sur une gélose Sabouraud choramphénicol et après 3 jours à température ambiante vous pouvez obtenir un mycélium aérien très caractéristique et le repiquer.
À partir d’une suspension de 10 g de camembert (croûte et intérieur) dans 90 mL d’eau peptonée et étalement sur une gélose Sabouraud chloramphénicol de la suspension et des dilutions 10-1 et 10-2, les élèves obtiennent beaucoup de colonies de Geotrichum et beaucoup plus rarement de colonies de Penicillium camenberti. Les deux donnent des colonies blanches et pour distinguer le P. camenberti du Geotrichum, en dehors de l’examen microscopique, l’aspect des colonies de Penicillium est velouté (et a une hauteur plus importante).
Mettre en place une procédure d’échange (souchothèque virtuelle) interlycées ?

Une souchothèque virtuelle sur le site de l’UPBM serait un outil intéressant, moyennant quelques contraintes.(…) Classe 2 : le chef d’établissement (CE) demandeur contacte son homologue disposant de la souche qui l’intéresse. Ils se mettent d’accord sur les conditions de transfert : copie des documents d’origine de la souche, conditions d’expédition dont l’emballage (qui au total est triple, étanche et signalé « risque biologique » et identification complète de l’expéditeur et du destinataire). Tous ces documents sont archivés au titre de la traçabilité.
Contrainte supplémentaire : seules les souches commercialisées sont échangeables. Les autres ne sont pas censées exister…

L’idée est bonne… je la mets de côté. En même temps, je ne vois pas comment un labo de lycée peut garantir que la souche dont il dispose et qu’il a repiquée depuis 20 ans est celle de départ – c’est même très rarement le cas à mon avis : y a qu’à voir la disparition progressive de caractéristiques phénotypiques pourtant “caractéristiques” justement. On a des bactéries qui ne présentent même plus les résistances naturelles aux antibio !! Les souches du souchier sont des mutants de mutant de mutant – la pression de sélection est ridicule et les divergences génétiques doivent être la règle au bout de quelques années…
Les lycées ne sont pas accrédités, mais le fait d’avoir, selon une procédure normalisée, redémontré l’identité d’une souche devrait suffire – qu’on fasse attention à utiliser du classe 1 en STL et qu’on garantisse que ce soit du classe 1 me semble assez compréhensible. Qu’un étudiant de ABM, formation professionnelle, doive manipuler du classe 2 étiqueté Pasteur plutôt que du classe 2 quelconque, alors même qu’il manipulera sans nul doute possible du classe 3 non étiqueté pendant ses 7 semaines de stage : la logique m’échappe…